代理教師全聘期，在各方共同努力下雖有很大改善，但也凸顯國教政策一國、乃至一地多制的亂象，事實上，亂象所在多有，教師的加班補休問題，又是一例。
全教總理事長侯俊良指出，去年6月，立法院通過《公務人員保障法》修正案，除修正「加班」定義，並明定加班補償要件及方式；有關「補休假」，則放寬為「二年內休完」，目前，公務人員皆已適用新規定，但各縣市的中小學同樣出現規定不一的情況，亟待教育部與各縣市政府嚴肅面對、儘快處理。
依據釋字第七八五號解釋意旨，111年6月22日修正公布《公務人員保障法》第23條，業於112年1月1日正式施行，公務人員之加班費支給基準、補休假期限等授權由行政院訂定各機關加班費支給辦法規定，全國公務人員一體適用。然而教育部仍舊以過去各自為政的角度，於2月4日函文各公立大專校院及教育主管機關，稱有關公立學校教師之補休期限，公立大專校院由學校參酌各機關加班費支給辦法辦理，高級中等以下學校則由各主管機關依權責處理。
侯俊良強調，對比公務員之一致性，教育部此舉形同繼續鼓勵一國多制？事實上，教育部前些時日訂定發布的《國立各級學校兼任行政職務教師兼職處理辦法》，又很大氣的明定『直轄市政府及縣（市）政府所屬各級公立學校兼任行政職務教師之兼職，得準用本辦法之規定。』卻又對教師之加班補休視而不見，實在是為德不卒。
全教總調查顯示，在教育部未明確做出一致性規範下，目前各縣市對教師的加班補休就是各行其是。
一、同意補休假期限延長為二年之縣市：台北市、桃園市、台南市、新竹縣、苗栗縣、彰化縣、嘉義縣、屏東縣、宜蘭縣、台東縣、澎湖縣及金門縣共10個縣市，其餘縣市尚未延長。
二、同意補休假因遷調可攜之縣市：台北市、桃園市、嘉義市、宜蘭縣、連江縣共5個縣市。
侯俊良表示，針對教師加班補休一事，全教總所屬地方工會在與縣市政府溝通時，地方官員態度也不甚一致，有的從善如流，也有的始終不動如山。
宜蘭縣教師職業工會理事長葉明政說：在該會發函縣府後，宜蘭縣政府隨即宣布，縣內各級學校（含幼兒園）校長及教師各項補休期限，比照行政院修正《各機關加班費支給辦法》第6條及《公務人員保障法》第23條第3項規定，由1年延長為2年，並得於原補休假期限內至新任職機關續行補休。葉明政對此表示肯定。
臺南市教育產業工會理事長陳葦芸表示，補休期限延長至2年對於教學現場老師是一大福音，然而公務人員遷調，可於原服務機關未休畢之補休假，得於原補休假期限內至新任職機關續行補休，教師的部份還未確定，陳葦芸呼籲臺南市教育局能比照宜蘭縣，宣佈教師得於原補休假期限內至新任職學校(限臺南市政府所屬學校)續行補休。
嘉義縣教師職業工會理事長劉政昇表示，嘉義縣政府已於2月9日發文至各校，統一規定於2年內補休完畢。老師犧牲假日時間，來為協助學校事務活動，所以2年內補休是老師們應得的權利，但老師不是廉價的人力，政府實應給予加班費或實質代課補休，才是解決的辦法。
高雄市教師職業工會理事長于居正指出，高雄市教育局正在研修《高雄市立高級中等以下學校教職員出勤差假管理要點》，準備將現有「一年內給予補假」之規定放寬至二年。于居正進一步建議盡快趕在3月底前完成修法。
全教總理事長侯俊良表示，教師加班補休一國多制的亂象恰如代理教師翻版，目前仍有不少縣市無動於衷，全教總要求教育部盡快與地方政府研商，比照宜蘭縣模式，做出全國一致性的明確規範，在此之前，各地方政府更應主動檢討，揚棄官僚威權作風，比照宜蘭縣作法，以保障教師權益。