代理教师全聘期，在各方共同努力下虽有很大改善，但也凸显国教政策一国、乃至一地多制的乱象，事实上，乱象所在多有，教师的加班补休问题，又是一例。
全教总理事长侯俊良指出，去年6月，立法院通过《公务人员保障法》修正案，除修正「加班」定义，并明定加班补偿要件及方式；有关「补休假」，则放宽为「二年内休完」，目前，公务人员皆已适用新规定，但各县市的中小学同样出现规定不一的情况，亟待教育部与各县市政府严肃面对、尽快处理。
依据释字第七八五号解释意旨，111年6月22日修正公布《公务人员保障法》第23条，业於112年1月1日正式施行，公务人员之加班费支给基准、补休假期限等授权由行政院订定各机关加班费支给办法规定，全国公务人员一体适用。然而教育部仍旧以过去各自为政的角度，於2月4日函文各公立大专校院及教育主管机关，称有关公立学校教师之补休期限，公立大专校院由学校参酌各机关加班费支给办法办理，高级中等以下学校则由各主管机关依权责处理。
侯俊良强调，对比公务员之一致性，教育部此举形同继续鼓励一国多制？事实上，教育部前些时日订定发布的《国立各级学校兼任行政职务教师兼职处理办法》，又很大气的明定『直辖市政府及县（市）政府所属各级公立学校兼任行政职务教师之兼职，得准用本办法之规定。』却又对教师之加班补休视而不见，实在是为德不卒。
全教总调查显示，在教育部未明确做出一致性规范下，目前各县市对教师的加班补休就是各行其是。
一、同意补休假期限延长为二年之县市：台北市、桃园市、台南市、新竹县、苗栗县、彰化县、嘉义县、屏东县、宜兰县、台东县、澎湖县及金门县共10个县市，其余县市尚未延长。
二、同意补休假因迁调可携之县市：台北市、桃园市、嘉义市、宜兰县、连江县共5个县市。
侯俊良表示，针对教师加班补休一事，全教总所属地方工会在与县市政府沟通时，地方官员态度也不甚一致，有的从善如流，也有的始终不动如山。
宜兰县教师职业工会理事长叶明政说：在该会发函县府后，宜兰县政府随即宣布，县内各级学校（含幼儿园）校长及教师各项补休期限，比照行政院修正《各机关加班费支给办法》第6条及《公务人员保障法》第23条第3项规定，由1年延长为2年，并得於原补休假期限内至新任职机关续行补休。叶明政对此表示肯定。
台南市教育产业工会理事长陈苇芸表示，补休期限延长至2年对於教学现场老师是一大福音，然而公务人员迁调，可於原服务机关未休毕之补休假，得於原补休假期限内至新任职机关续行补休，教师的部份还未确定，陈苇芸呼吁台南市教育局能比照宜兰县，宣布教师得於原补休假期限内至新任职学校(限台南市政府所属学校)续行补休。
嘉义县教师职业工会理事长刘政升表示，嘉义县政府已於2月9日发文至各校，统一规定於2年内补休完毕。老师牺牲假日时间，来为协助学校事务活动，所以2年内补休是老师们应得的权利，但老师不是廉价的人力，政府实应给予加班费或实质代课补休，才是解决的办法。
高雄市教师职业工会理事长于居正指出，高雄市教育局正在研修《高雄市立高级中等以下学校教职员出勤差假管理要点》，准备将现有「一年内给予补假」之规定放宽至二年。于居正进一步建议尽快赶在3月底前完成修法。
全教总理事长侯俊良表示，教师加班补休一国多制的乱象恰如代理教师翻版，目前仍有不少县市无动於衷，全教总要求教育部尽快与地方政府研商，比照宜兰县模式，做出全国一致性的明确规范，在此之前，各地方政府更应主动检讨，扬弃官僚威权作风，比照宜兰县作法，以保障教师权益。